Adelsös historia börjar redan på stenåldern vilket en del fynd från den tiden vittnar om. Adelsö bestod då bara av några mindre öar, som med hjälp av landhöjningen börjat resa sig ur havet. Mälaren med sitt sötvatten fanns inte ännu, utan de skär som senare skulle bli Adelsö låg i en havsvik av Östersjön.

Fiske, fågel- och säljakt utgjorde grunden för de människor som levde här. Gravar från äldre och yngre bronsåldern finns, men de flesta gravfälten kommer från järnåldern och främst då från vikingatiden. På Adelsö finns dessutom två fornborgar varav den ena Skansberget vid Stenby, är ovanligt välbevarad. Till fornborgarna sökte sig befolkningen vid orostider för att skydda sig mot plundringar.

Adelsö som tidigare benämndes Alsnö eller Alsnu och de stora Kungshögarna vid Hovgården visar vilken betydelse Adelsö hade under vikingatiden. Kungen bodde på kungsgården vid Hovgården och styrde över den tidens största stad, Birka. Under 1100-talets senare del byggdes kyrkan vid Hovgården och Birger Jarls söner byggde Alsnö hus, ett praktslott där Magnus Ladulås år 1279 sammankallade till Alsnö möte. Vid detta möte beslutade man att bland annat att stadfästa Birger Jarls fridslagar och att införa skattefrihet för dem som tjänade kungen. Det sistnämnda (Alsnö stadga) innebar att det världsliga frälset, dvs adeln, infördes i Sverige.

Under medeltiden användes Alsnö hus som sommarpalats av kungar och ståthållare men idag återstår bara en ruin. Alsnö hus-ruinen och flera av gravarna vid Hovgården grävdes ut vid de omfattande arkeologiska undersökningar som utfördes 1916 - 1926.

 

 Samtidigt med Birka-utgrävningarna på 1990-talet utfördes utgrävningar vid Hovgårdsområdet. 1993 upptogs Birka och Hovgården på UNESCO:s världsarvslista.